近年來，南通市多措并舉，全面打響農村黑臭水體“殲滅戰”。
一是截污納管與內源治理雙管齊下。該市通州區統籌配套截污納管、農村改廁、農村小型污水處理等設施建設，開展拆除違章建筑等四大攻堅戰，整治取締1528戶，搬離1358戶，拆除違章建筑1174處；清運工業廢料49709噸，清理堆放點1379處計13萬余平方米，清拆群租房171戶計2.7萬余平方米。啟東加強整治河道污水直排管控，各區鎮堅決嚴控源頭，整治養殖場及污染企業212家，整治面積1.4萬平米。如東、如皋等地，針對散小養殖戶開展社會化處理服務，建成糞污收運社會化服務組織58個，規模養殖場實行糞污處置裝備全配套，有效遏制糞污直排入河。
二是生態修復與長效管護兩手發力。該市出臺《南通市生態河湖行動計劃（2018-2020）》，兩年間累計打造1723條生態河道，今年，計劃再打造1123條。同時，實施農村河道保潔、綠化管護、農路保潔和農村生活垃圾收集處置一體化管理，全市一二級及通航的三級河實行市場化運作、機械化保潔、標準化考核，在鎮村不通航河道推廣“以河養河、生態護河”長效管護機制。海安、啟東等地通過“以河養河”做大生態治河“附加值”，推廣“養魚+扶貧+治水”模式，算好精準脫貧和河道生態管護兩筆賬，巧解后續投入、管護質量等生態河道長效管護的難題。
三是城市與農村兩個戰場齊頭并進。2019年，該市中心城區66平方公里內主要河道水質由劣V類提高到Ⅲ類，16條城市黑臭水體全面消除，全省率先列入整治的全市1725條農村黑臭水體，超計劃完成44條，黑臭水體“消劣除黑”率達到99.8％，力爭到2020年底，基本消除集鎮區、農村人居環境整治示范村、農村集中居住區的黑臭水體。今年全市將非等級河道、村莊溝塘也納入整治范圍，排查出農村黑臭水體1216條，到2021年底，全面消除農村黑臭水體，徹底打贏“殲滅戰”。
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